Trung tâm thanh toán bảo phụ trách quá trình tương tác giữa các bên tham gia giao dịch, có chức năng thực hiện thanh toán và chuyển giao chứng khoán đúng thời điểm. Nhờ đó các bên giao dịch không còn phải ký kết thoả thuận riêng với nhau vì mọi thao tác sẽ được thực hiện qua phòng thanh toán bù trừ.